检察院在办理自侦案件行使刑事诉讼法定职权时，有权根据刑事诉讼法的相关规定，对案件进行各项侦查活动，并依法对犯罪嫌疑人根据侦查情况做出最终的处理。

对于自侦案件中只有一个犯罪嫌疑人的案件，或者全部犯罪嫌疑人都已经到案的案件，检察院只需要按照有关程序进行正常处理即可，对于部分犯罪嫌疑人在逃的案件，就会根据查明的情况分成两类来处理。

检察院自侦共同犯罪案件部分犯罪嫌疑人在逃的，根据在案犯罪嫌疑人有关犯罪事实的落实情况，分别有以下5种处理方式：
1、移送起诉；对于事实清楚，证据确实充分应起诉的。
2、移送不起诉；对于事实清楚，证据确实充分证明不应起诉的。
3、报请延长侦查羁押期限；对于事实无法查清，但仍在侦查法定期限内的。
检察院
4、变更强制措施；对于已经采取的强制措施期限已经届满，但仍可以继续侦查的。
5、解除强制措施。对于所有强制措施期限都已经届满的。

检察院在办理自侦案件时，对于共同犯罪的部分同案犯罪嫌疑人在逃的案件，要根据对在案犯罪嫌疑人的犯罪事实查明的情况，分别以上情况进行处理，说明《刑事诉讼法》对案件处理的原则也是实事求是。对于事实清楚的，按照规定处理，对于事实不清的，暂时不做出最终处理意见是一种必要的妥协。毕竟对于一个案件来说，在情况不明的情况下暂时不予追究，不影响将来在事实清楚的情况下补充追究，但错误的追究，会让无罪的人遭受无端的刑事责任，有悖于疑罪从无的原则！