根据法律规定，检察院在办理自侦案件时，会和公安机关一样行使法定的侦查权。

通过各种侦查权的合法行使，对案件有关事实、证据查明之后，侦查活动就应该终结。在侦查终结后，案件会根据侦查的结果有不同的后果。

检察院自侦案件侦查终结后的结果有以下2种：

1、制作起诉意见书；
人民检察院经过侦查，认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当写出侦查终结报告，并且制作起诉意见书。
意见书
2、制作不起诉意见书。
对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的案件，应当写出侦查终结报告，并且制作不起诉意见书。

在检察院办理自侦案件侦查终结后，对于符合起诉条件的应该制作起诉意见书，其中犯罪嫌疑人自愿认罪的，应当记录在案，随案移送，并在起诉意见书中写明有关情况。对于不符合起诉的条件，不需要起诉的，应该制作不起诉意见书。这就是检察院自侦案件在侦查终结后的两种结果。需要注意的是，虽然侦查终结报告和起诉意见书或者不起诉意见书都应当报请检察长批准，但这仍然仅是检察院负责侦查部门的意见，并不表示该案件一定会按照侦查部门确定的方向继续进行，后续还有很多的制约环节才最终决定了案件的最终走向。毕竟相互制约，是刑事程序中明确规定的原则！