检察院在办理自侦案件时，有时会为了查明案情，解决案件中某些专门性的问题而进行鉴定。这一 程序在公安机关侦查的案件中同样存在。

从源头上来讲，侦查期间的鉴定程序规定都应该来源于《刑事诉讼法》的相关规定，应该大原则上是一致的。但是，由于推动鉴定程序的机关不同，还是有一些具体的差别。

检察院自侦案件的鉴定与公安机关鉴定存在的不同主要体现在以下4点：

1、鉴定人员不同；检察院自侦案件的鉴定由人民检察院有鉴定资格的人员进行。必要时，也可以聘请其他有鉴定资格的人员进行，但是应当征得鉴定人所在单位同意。而公安机关的鉴定是指派和聘请有专业知识的人员。

2、对鉴定材料的要求不同；人民检察院对检材没有具体要求，而公安机关对检材的保管和传递都有明确要求。
公安机关
3、对补充鉴定和重新鉴定的要求不明确；检察院只是说在必要时可以补充鉴定和重新鉴定，而公安机关详细列明了可以补充鉴定或重新鉴定的情况。

4、对鉴定人资质的要求不同。检察院没有规定鉴定人员的资质问题，而公安机关明确规定了鉴定机构和鉴定人员的资质问题。

在检察院办理自侦案件时进行的鉴定，虽然在大的原则上与公安机关的鉴定规定基本类似，但是，在一些细节问题上，相比公安机关的规定来看，比较粗糙。一方面可能与检察院自侦案件的数量与公安机关的办案数量差别较大，从实践中得出的经验不多有关，另一方面可能与检察院在办理自侦案件时只存在内部监督有关。既然只有内部监督而没有外部监督，对自己的要求可能就不必太严格。这也许就是侦查权力需要分散制约的根本原因！