检察院有权办理自侦案件。在办理自侦案件的过程中，检察机关可以使用《刑事诉讼法》赋予的各项权力，对案件完成侦查阶段的工作，直至侦查终结。

在现实中，有时负责侦查的检察院，自身因为各种原因并不适合对案件审查起诉，这时候就存在一个将已经侦查完毕的案件移交其他检察院继续处理的问题。

检察院自侦案件移交其他检察院处理的情况不多，主要存在异地起诉和移交下级检察院处理两种常见情况。对于这两种情况的规定主要有以下3点：

1、与法院提前协商指定管辖；人民检察院侦查终结的案件，需要在异地起诉、审判的，应当在移送起诉前与人民法院协商指定管辖的相关事宜。
检察院
2、将侦查终结的材料交应处理该案的下级检察院审查；上级人民检察院侦查终结的案件，依照刑事诉讼法的规定应当由下级人民检察院提起公诉或者不起诉的，应当将有关决定、侦查终结报告连同案卷材料交由下级人民检察院审查。

3、下级检察院可以提出异议，但必须执行上级检察院的决定。下级人民检察院认为上级人民检察院的决定有错误的，可以向上级人民检察院报告。上级人民检察院维持原决定的，下级人民检察院应当执行。

检察院办理的自侦案件需要异地起诉和审判时，需要提前与法院协商指定管辖的问题，这一规定从原则上来说是法院对检察院异地起诉工作的配合，对于特殊的案件也许这种异地起诉是必要的。但是，后面关于将案件移送应该起诉的下级检察院审查的规定，似乎就有了程序化规定的意义——既然下级检察院需要服从上级检察院的意见，这一审查权就仅仅只是一个名义的审查权而已！