综合计算工时工作制一般适用于特殊行业，需要经过行政审批确认。

综合计算工时工作制的平均工作时间超出法定标准工作时间时可以主张加班费，但是除法定节假日外，一般按照延时加班的计算标准记加班费。法定假日上班应记为加班，不能调休的，应发3倍工资。

综合计算工时工作制分为按月、按季、按年计算，去除法定节假日的11天时间，按照年计算工作日为250天、按季计算工作日为62.5天、按月计算工作日为20.83天，因此如果用人单位实行综合工时工作制，则总的工作时长超过法定的工作时间则劳动者可以主张加班费。

相关法律规定：
《劳动部关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》
第五条 企业对符合下列条件之一的职工，可实行综合计算工时工作制，即分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
（一）交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；
（二）地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工；（三）其他适合实行综合计算工时工作制的职工。
劳动法
第六条 对于实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的职工，企业应根据《中华人民共和国劳动法》第一章、第四章有关规定，在保障职工身体健康并充分听取职工意见的基础上，采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。
第七条 中央直属企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的，经国务院行业主管部门审核，报国务院劳动行政部门批准。
地方企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的审批办法，由各省、自治区、直辖市人民政府劳动行政部门制定，报国务院劳动行政部门备案。
《劳动法》
第三十六条   国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
第三十八条   用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
  第四十四条   有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。