医疗机构不如实提供相关材料、不配合相关调查，导致医疗事故技术鉴定不能进行的，卫生行政部门可以直接认定。

根据《医疗事故处理条例》，卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定;医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告后，除责令医疗机构及时采取必要的医疗救治措施，防止损害后果扩大外，应当组织调查，判定是否属于医疗事故;对不能判定是否属于医疗事故的，应当依照本条例的有关规定交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。即卫生行政部门可以自行组织调查判定是属于医疗事故。

另据《卫生部关于卫生行政部门是否有权直接判定医疗事故的批复》，对不需要进行医疗事故技术鉴定的或者医疗机构不如实提供相关材料、不配合相关调查，导致医疗事故技术鉴定不能进行的，卫生行政部门可以依据调查结果对医疗事故争议进行直接判定。

法律依据：

《医疗事故处理条例》

第二十条 卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定;医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。

第三十六条 卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告后，除责令医疗机构及时采取必要的医疗救治措施，防止损害后果扩大外，应当组织调查，判定是否属于医疗事故;对不能判定是否属于医疗事故的，应当依照本条例的有关规定交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。

《卫生部关于卫生行政部门是否有权直接判定医疗事故的批复》

吉林省卫生厅：

你厅《关于卫生行政部门直接判定医疗事故的请示》(吉卫文〔2007〕20号)收悉。经研究，现批复如下：

根据《医疗事故处理条例》第二十条、第三十六条等有关规定，对不需要进行医疗事故技术鉴定的或者医疗机构不如实提供相关材料、不配合相关调查，导致医疗事故技术鉴定不能进行的，卫生行政部门可以依据调查结果对医疗事故争议进行直接判定。