根据法律规定，检察院有权办理自侦案件，并行使刑事诉讼法定职权。

但是，由于刑事案件侦查终结后的阶段一般是审查起诉阶段，这一阶段的权力还是由检察院自己行使，因此，不仅对过程的监督很重要，有关权力有一个明确的最长期限也很重要。因为只有法律规定明确的办理期限，案件才不会久拖不决。检察院自侦案件最长的办理期限分为以下两种情况：

1、立案后2年；人民检察院直接受理侦查的案件，对犯罪嫌疑人没有采取取保候审、监视居住、拘留或者逮捕措施的，负责侦查的部门应当在立案后二年以内提出移送起诉、移送不起诉或者撤销案件的意见。
刑事案件
2、解除或撤销强制措施后1年。对犯罪嫌疑人采取取保候审、监视居住、拘留或者逮捕措施的，负责侦查的部门应当在解除或者撤销强制措施后一年以内提出移送起诉、移送不起诉或者撤销案件的意见。

检察院在办理自侦案件时，根据对犯罪嫌疑人是否采取了强制措施，有关规定的最长办理时间有所区别，分别为一年或两年。但这些区别并不是彻底完结的时间，如果撤销案件以后，又发现新的事实或者证据，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的，可以重新立案侦查。因为违法必究也是一个重要的原则！